另一種聚在腸道的毒物，是壞菌的排泄物。我們腸腔內的菌叢之間，本來就有制衡作用；數目較龐大的好菌，會抑制壞菌的作用，再加上我們體內的免疫機制，會適時吞噬壞菌，好、壞菌才能在腸腔環境中和平共處。一旦因為各種因素，讓好菌數目削減，無法再有效抑制壞菌，壞菌就會成為我們生病的根源。例如有些人因為身體出現傷口、部位發炎，便喜歡服用抗生素以防止細菌感染，但反而也把腸腔裡的好菌一起殺死。尤其是體質較弱、小孩子或長期服用抗生素治療的人，可能因此提供腸道內壞菌大量繁殖的機會。
好菌、壞菌知多少？
壞菌與好菌是如何區分的呢？其實很簡單，細菌自己並無好壞之分；但是如果該細菌的排泄物對人體而言是毒素，我們就把該細菌歸類為「壞菌」。反之，如果一種腸內細菌，它的排泄物是人體的養分，我們就把它歸類為「好菌」，又稱「腸益菌」或「益生菌」。
+什麼是壞菌？
包括腸炎弧菌、病原性大腸桿菌、葡萄球菌、霍亂弧菌等。食物不潔而被誤食，而引發下痢、腸炎等各種中毒症狀，就是因為這些壞菌在體內增殖，產生許多對人體有害的致病性毒素所致。基本上，腸內的害菌都屬於腐敗菌，會分解蛋白質產生氨、硫化氨、酚等惡臭物質，及吲哚(Indole)、酚(苯酚Phenol)、糞臭素(Annonia)等致癌物質，並被腸道吸收到肝臟裡，讓肝臟再解其毒。甚至，腸內有些壞菌，還會使膽汁中的膽汁酸，轉變成具強力致癌作用的二級膽汁酸，讓原本幫助脂肪消化吸收的膽汁，變成有毒物質。如果經常便秘，卻又喜歡吃肉類、油脂的人，有可能因此致癌。
+什麼是好菌？
簡單來說，好菌的排泄物是人體所需的養分，如維生素B群；反而壞菌的排泄物，是體內不需要的廢物、毒素。從我們的口腔到肛門這一條消化道內，充滿了各式各樣細菌，胃與小腸內的細菌較少，但是口腔與大腸裡面的細菌就很多，它們以數百種平衡生態的方式存在，包括常聽到的乳酸桿菌(A菌）、比菲德氏菌(B菌)，都是我們體內正常的益生菌種。
我們腸道內可略分為3種菌類，包括：大腸桿菌、葡萄球菌等有害菌；乳酸菌等有益菌，及偽單胞菌、黴菌等伺機菌。伺機菌不是好菌，也不是壞菌，當我們的免疫能力良好時，伺機菌會在一旁按兵不動；一旦我們生病或免疫力下降時，伺機菌就會結合壞菌，傷害身體。有害菌的數量多於有益菌時，就可能引起腹瀉、便秘，引起腸道發炎，產生許多毒素，誘發各種疾病。如果腸道經常發炎的話，可以添加特製的氨基酸(例如谷胺醯酸)幫忙修復腸壁細胞。
有些人的排便很臭，甚至常常放臭屁，就是因為大腸內壞菌太多所致，如果多喝水、多吃纖維質蔬果以刺激腸胃蠕動、多吃有益菌，就會改善排便或排氣的味道。所以說，從體味與排泄物的味道，就可以間接偵測到壞菌的多寡。如果要更客觀分析腸道內好壞菌叢的微生物態，可以找合格的自然醫學醫師施行以下兩種檢測，並加以詳細解說與治療：糞便的全套腸道微生物綜合分析(ComprehensiveMicrobiologyProfile，Stool)或是尿液的腸道菌叢平衡性分析(IntestinalDysbiosisAnalysis，Urine)。
要排毒，先讓腸道裡的好菌變多多
排除腸道毒素，除了多吃水溶性纖維，配合喝大量的水之外，還需要足夠的有益菌。有益菌，多是帶有抗氧化酵素的細菌，例如乳酸菌，主要的功能是分解乳糖及蛋白質，並能將腸道裡的雙叉乳桿菌轉成維生素B群，以幫助消化與吸收。這些好菌能增加巨噬細胞及免疫球蛋白A的活性，讓我們的免疫功能更好。其實，我們身體內的有益菌菌種越多越好，我認為可以適量補充A菌，B菌等。
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